La matière est composée à l'échelle microscopique de différentes entités chimiques.
Un cristal ionique, comme le sel de cuisine (chlorure de sodium), est composé d'ions, tandis que l'eau, espèce moléculaire, est composée de molécules, de formule H2O, chacune de ces molécules d'eau étant formée par l'assemblage d'un atome d'oxygène avec deux atomes d'hydrogène.
Certaines espèces sont atomiques, comme l'or ou le fer, composées chacune à partir d'atomes du même élément chimique (uniquement des atomes d'or dans un lingot d'or, uniquement des atomes de fer dans une barre de fer).
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